Противомикробные средства в гастроэнтерологической клинике назначают больным с хроническими воспалительными заболеваниями органов желудочно-кишечного тракта в случаях, когда их микробное происхождение установлено. Применение противомикробных препаратов чревато нарушением физиологической микрофлоры полости рта и толстого кишечника, поэтому оно всегда должно осуществляться с должной осторожностью. Непременно должно выполняться условие идентификации патогенных микроорганизмов с определением их чувствительности к противомикробным препаратам. Безразборное проведение противомикробной терапии по его последствиям для пищеварения является недопустимым.